Schätzungen zufolge wurde in Swanetien zwischen 523 und 530 das Christentum eingeführt; die meisten Einwohner sind orthodoxe Christen. Obgleich Swanetien nur spärlich besiedelt ist, gibt es eine Vielzahl von kleinen Gottershäusern, deren Kreuze und Ikonen unberührt blieben. Im Gegensatz zu den Schätzen anderen Kirchen in Georgien werden die heiligen Gegenstände Swanetiens nicht im Museum ausgestellt, sondern nach wie vor in den Kirchen aufbewahrt. Einige der religiöse Stätten tragen und beherbergen dabei sogar noch heidnische Symbole aus der Zeit vor der Christianisierung – unter anderem Fresken und Ornamente mit Hörnern und Geweihen von Damwild und Bergziegen.